综合管理部

主要负责分公司内部管理事务，及相关组织、协调工作。

财务部

主要负责执行国家有关的财经政策和公司总部的财务制度，组织执行分公司内部的财务管理。

法律部

主要负责对分公司规范性文件进行合规性审核，对分公司营运中涉及的法律问题出具法律意见。

登记存管部

主要负责证券账户的开立和管理，证券的登记（初始登记、变更登记、退出登记）和各项权益代理业务及其他服务，证券的查询、质押登记、转让登记以及协助司法业务，证券存管业务。

结算管理部

主要负责清算业务管理、资金账务管理（包括公司业务资金总账管理、B股结算资金账务管理、A股清算准备金及B股风险共同基金管理等）、回购业务管理（包括折算率管理、标准券核算及回购欠库管理等）、结算风险管理（包括待交收、卖空业务管理、交收及价差担保品管理）、国债兑付兑息工作。

交收部

结算参与人及其他参与人资金存管业务管理，组织完成相关业务资金交收。交收业务风险管理及交收风险资金账户监控。结算参与人信息管理。

技术开发部

主要负责技术系统的规划、设计和开发、维护，为技术系统的安全运行提供技术支持。

系统运行部

主要负责登记结算技术系统的日常运行、维护和管理。