中国证券登记结算有限公司上海分公司的前身为上海证券中央登记结算公司，于1993年3月8日成立。在8年多时间里，秉承为证券市场提供安全、高效、低成本的登记结算服务的精神，积极参与、配合证券市场的产品创新和技术创新，为证券市场的快速发展提供优质的后台支持服务。随着中国证券登记结算体系的改革，公司于2001年9月20日改组为中国证券登记结算有限公司上海分公司。

中国证券登记结算有限公司设在北京，总资本为人民币12亿元，上海、深圳证券交易所是公司的两个股东，各持50％的股份。中国证监会是公司的主管部门。上海、深圳各设有一家分公司。

公司的宗旨是，建立一个符合规范化、市场化和国际化要求，具有开放性、拓展性特点，有效防范市场风险和提高市场效率，能够更好地为中国证券市场未来发展服务的集中统一的证券登记结算体系。